Il rilascio di Machinarium l'anno scorso ha scatenato polemiche sul fatto che sia "legale" per il download. Sembra che il gioco era stato trapelato su internet in una build precedente e molti utenti ora scaricare il gioco e poi pretendere che essi hanno giocato. Ciò ha portato a timori circa download online essere un pericolo per i bambini, con un numero di persone che sostengono che anche questo è stato utilizzato per scaricare illegalmente film e musica. Tuttavia, questo non è stato il caso per Machinarium ed è ancora completamente legale per il download da Windows XP o Windows Vista come a quando si mantiene il virus dal computer.
La controversia è un esempio delle tensioni che esistono tra i pirati del software e detentori del copyright. Per gli utenti Windows che vogliono scaricare Machinarium o qualsiasi altro gioco con Windows XP o Vista sarà necessario che l'utente scarica il gioco attraverso un sito legittimo. La maggior parte dei siti saranno insistere sul fatto che il gioco è scaricabile utilizzando lo specifico di Windows XP o Vista. Questi download funzionano bene, ma non è possibile eseguire il gioco attraverso i programmi di gioco usuali. Gli sviluppatori del gioco hanno cambiato il modo in cui viene messa in questi dispositivi, perché è difficile farlo. Per rendere il download compatibile con tutti i computer, gli sviluppatori hanno messo a punto un link di download che funziona solo su un sistema Windows.
Se si scarica il gioco attraverso un download legale, si sarà in grado di giocare senza problemi. Questo è stato confermato da tutti coloro che hanno provato il gioco e sono stati segnalati problemi. Tuttavia, alcune persone possono avere problemi con il download dal sito in quanto può contenere un virus. Questo virus può non solo corrompere i file, ma può anche mandare in crash il computer e farla ripartire.
